En effet, un axe de communication intestin-cerveau a été mis en évidence. Les micro-organismes qui peuplent le microbiote intestinal sont capables de produire et de métaboliser plusieurs neurotransmetteurs (sérotonine, dopamine et acide gamma-aminobutyrique), impliqués dans la régulation de l'humeur, du stress et de l'anxiété. Des études démontrent un lien entre déséquilibre du microbiote et stress chronique. Selon ces études, l'altération de la paroi intestinale peut affecter la santé mentale.