Quels sont les signes d’une flore intestinale déséquilibrée ?

Ce qu’il faut retenir : 

• Le microbiote intestinal est un acteur clé de la santé digestive, immunitaire, métabolique et même mentale.

• Un déséquilibre (dysbiose) peut se manifester par des troubles digestifs, une fatigue persistante, des troubles de l’humeur, des problèmes de peau ou de poids.

• Les causes principales incluent une alimentation ultra-transformée, les antibiotiques, le stress, le manque de sommeil ou encore la sédentarité.

• Rééquilibrer sa flore passe par une alimentation riche en fibres et aliments fermentés, un mode de vie sain et, si besoin, une supplémentation en probiotiques.

• Bonne nouvelle : la dysbiose n’est pas une fatalité ! Avec des gestes simples et durables, il est possible de restaurer son microbiote et d’améliorer sa santé globale.

Introduction

Le microbiote intestinal – aussi appelé flore intestinale – est un acteur clé de notre santé globale. Il influence notre digestion, notre immunité, notre humeur, notre peau et même notre poids. Lorsqu’il est déséquilibré, on parle de dysbiose intestinale, un état de plus en plus courant dans nos modes de vie modernes. Comment la reconnaître ? Et surtout, comment la prévenir ou y remédier ?

C’est quoi, la flore intestinale ?

La flore intestinale désigne l’ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, virus, champignons, …) qui colonisent notre intestin, principalement le côlon. On en compte environ 100 000 milliards, issus de plus de 1 000 espèces différentes. Cette population microbienne agit comme un organe à part entière, remplissant de nombreuses fonctions :

• Digestion des fibres et production d’acides gras à chaîne courte (AGCC) ;

• Synthèse de vitamines (K, B12) ;

• Effet barrière contre les agents pathogènes ;

• Régulation du système immunitaire et des neurotransmetteurs.

Un microbiote intestinal sain se caractérise par une communauté microbienne à la fois diversifiée et équilibrée, capable d’assurer des fonctions essentielles au bon fonctionnement de l’organisme.

Qu’est-ce qu’un déséquilibre du microbiote (dysbiose) ?

La dysbiose peut être le résultat d’un certain nombre de facteurs. Elle se définit par :

• Une perte de diversité microbienne ou …

• Une prolifération de bactéries pathogènes ou …

• Une diminution voire absence des bonnes bactéries (comme Bifidobacterium, Faecalibacterium) ;

• Et souvent une inflammation de la muqueuse intestinale.

Elle peut être silencieuse … ou provoquer une cascade de troubles.

Quels sont les signes d’une flore intestinale déséquilibrée ?

Troubles digestifs chroniques

Les troubles digestifs sont les manifestations les plus courantes d’un déséquilibre du microbiote. Ballonnements, gaz, transit irrégulier (constipation ou diarrhée), digestion difficile, douleurs abdominales, reflux gastro-œsophagien … autant de signes qui peuvent refléter une altération de l’écosystème intestinal. En cas de dysbiose, la digestion des fibres est moins efficace, la production d’acides gras à chaîne courte (AGCC) diminue, et la barrière intestinale peut devenir plus perméable. Ce phénomène hyperperméabilité intestinale ou « leaky gut », laisse passer des molécules indésirables dans la circulation, entretenant une inflammation de bas grade souvent silencieuse.

Anxiété, déprime, troubles du sommeil

Le microbiote intestinal communique en permanence avec le cerveau via ce que l’on appelle l’axe intestin-cerveau – un réseau complexe reliant le système nerveux entérique, le système immunitaire, le nerf vague et les messagers chimiques. Il joue un rôle clé dans la production de neurotransmetteurs comme la sérotonine, le GABA ou encore la dopamine, qui régulent l’humeur, le stress et le sommeil. Lorsqu’il est déséquilibré, ce dialogue peut être perturbé, contribuant à l’apparition ou à l’aggravation de troubles tels que l’anxiété, la dépression, les troubles du sommeil ou les variations de l’humeur.

Prise de poids ou difficulté à maigrir

Lorsqu’il est appauvri ou dominé par des bactéries pro-inflammatoires, le microbiote intestinal peut désorganiser plusieurs mécanismes clés impliqués dans la gestion du poids, notamment la sensation de faim, la satiété, le métabolisme énergétique et la sensibilité à l’insuline. À long terme, ce déséquilibre peut favoriser une prise de poids ou rendre plus difficile la perte de masse grasse, malgré des efforts nutritionnels.

Maladies fréquentes ou fatigue persistante

Le microbiote intestinal participe activement à la défense de l’organisme en agissant comme une barrière immunitaire naturelle. Il stimule les cellules immunitaires, empêche la prolifération des agents pathogènes et contribue à l’équilibre de la réponse inflammatoire. En cas de dysbiose, ces fonctions de protection sont affaiblies, ce qui peut entraîner une susceptibilité accrue aux infections récurrentes – qu’elles soient ORL, digestives ou urinaires – ainsi qu’une sensation de fatigue persistante, souvent difficile à expliquer autrement.

Maladies auto-immunes

Lorsqu’il est déséquilibré, le microbiote intestinal peut altérer l’intégrité de la barrière intestinale, favorisant ce qu’on appelle la perméabilité intestinale. Cette « porosité » anormale permet à certaines molécules inflammatoires ou antigènes de traverser la muqueuse digestive, ce qui peut déclencher une activation inappropriée du système immunitaire. Ce phénomène est de plus en plus reconnu dans le développement ou l’aggravation de maladies auto-immunes comme la polyarthrite rhumatoïde, la thyroïdite d’Hashimoto, le lupus, la maladie cœliaque ou encore le diabète de type 1.

Problèmes de peau (acné, eczéma, rosacée)

Ce lien entre intestin et peau, connu sous le nom d’axe intestin-peau, repose sur des interactions complexes entre le microbiote intestinal, le système immunitaire et l’inflammation systémique. En cas de dysbiose, certaines bactéries pro-inflammatoires libèrent des toxines et des métabolites qui peuvent perturber l’équilibre immunitaire, favorisant ainsi l’apparition ou l’aggravation de troubles cutanés comme l’acné, l’eczéma, le psoriasis ou encore la rosacée.

Traitements antibiotiques

Les antibiotiques ne font pas de distinction entre les bactéries pathogènes et les bactéries bénéfiques : en les éliminant toutes, ils peuvent appauvrir considérablement la diversité du microbiote. Ce déséquilibre fragilise l’écosystème intestinal, augmente le risque de troubles digestifs comme la diarrhée, et favorise l’émergence de pathogènes opportunistes tels que Clostridium difficile, responsables d’infections parfois sévères.

Quelles sont les causes principales de la dysbiose ?

Le tableau suivant recense les principaux facteurs identifiés comme contributeurs à la dysbiose intestinale.

Comment rééquilibrer sa flore intestinale ?

Miser sur les fibres prébiotiques

Les fibres alimentaires (légumes, fruits, légumineuses, noix, céréales complètes) - faisant partie des prébiotiques - nourrissent les bactéries productrices d’AGCC (butyrate, propionate, acétate), essentielles pour la santé intestinale et immunitaire. On les retrouve dans le règne végétal : fruits, légumes, légumineuses, oléagineux, céréales complètes. 

L’idée est d’aller vers 25 à 30g de fibres par jour en les incorporant progressivement si leur présence dans l’alimentation est peu abondante initialement.

Introduire des aliments fermentés riches en probiotiques naturels

Choucroute crue, kéfir, kombucha, cornichons non pasteurisés, tofu lactofermenté, … sont tous des aliments fermentés riches en probiotiques naturels. Le mieux est de les choisir non pasteurisés dans les rayons frais afin de garantir la présence de ces micro-organismes. De cette manière, on s’assure que ces aliments apportent des souches vivantes qui enrichissent la flore intestinale telles que les bactéries Lactobacillus et Bifidobacterium, démontrées bénéfiques dans les MICI, l’acné et les troubles digestifs.

Limiter les aliments ultra-transformés

Riches en sucres ajoutés, graisses raffinées et additifs, ces produits ont la caractéristique d’être pro-inflammatoire et favorisent l’inflammation systémique, la perméabilité intestinale et la dysbiose.
Il ne s’agit pas de les bannir totalement, mais de les consommer avec modération. De temps en temps, ils n’auront pas d’impact majeur, contrairement à une consommation quotidienne : c’est la répétition qui déséquilibre le microbiote.

Bouger, bien dormir, respirer : favoriser un mode de vie globalement sain

• Activité physique modérée (marche, vélo, …) : elle améliore la motilité intestinale ainsi que la diversité microbienne ;

• Sommeil régulier (7-9h) : un sommeil de qualité favorise la diversité microbienne et limite l’inflammation systémique ; 

• Gestion du stress (cohérence cardiaque, yoga, méditation, …) : cela permet de moduler l’axe intestin-cerveau tout en diminuant le taux de cortisol, hormone du stress.

Envisager la prise de probiotiques si nécessaire

Les probiotiques contribuent à l’équilibre de la flore intestinale. Ils peuvent donc aider à remettre de l’ordre en cas de dysbiose. 

Conclusion 

Notre flore intestinale est une alliée précieuse… mais aussi fragile. Lorsqu’elle est déséquilibrée, cela peut se manifester par des troubles digestifs, une fatigue persistante, des variations de poids, un moral en berne, des maladies auto-immunes ou encore des problèmes de peau. Ces signes doivent être considérés comme des signaux d’alerte.

La bonne nouvelle, c’est qu’un microbiote malmené peut être rééquilibré. En adoptant une alimentation riche en fibres et en aliments fermentés riches en probiotiques, en favorisant un mode de vie sain, et si besoin en intégrant des probiotiques ciblés, il est possible de restaurer un équilibre durable … et par là même occasion, améliorer sa santé globale.

Sources : 

[1] Inserm. 2021. Microbiote intestinal (flore intestinale) - Une piste sérieuse pour comprendre l’origine de nombreuses maladies, consulté de : https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/

[2] Shen, Y., Fan, N., Ma, S. X., Cheng, X., Yang, X., & Wang, G. (2025). Gut Microbiota Dysbiosis: Pathogenesis, Diseases, Prevention, and Therapy. MedComm, 6(5), e70168. https://doi.org/10.1002/mco2.70168

[3] Nikel, K., Stojko, M., Smolarczyk, J., & Piegza, M. (2025). The Impact of Gut Microbiota on the Development of Anxiety Symptoms—A Narrative Review. Nutrients, 17(6), 933. https://doi.org/10.3390/nu17060933 

[4] Van Hul, M., Cani, P. D., Petitfils, C., De Vos, W. M., Tilg, H., & El-Omar, E. M. (2024). What defines a healthy gut microbiome?. Gut, 73(11), 1893–1908. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2024-333378